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Ausgrabungsfunde in Querenstede bezeugen eine erste Besiedlung des heutigen Gemeindegebietes von Bad Zwischenahn auf die ausklingende Weichsel-Kaltzeit um etwa 10.000 v. Chr.. Systematische archäologische Ausgrabungen im Ammerland Mitte des 20. Jahrhunderts deuten auf eine durchgehende Besiedlung hin, die in der Zeit um etwa 500 n. Chr. plötzlich abbrach. Nach einer mehrere hundert Jahre andauernden Wüstungszeit begann im 9. Jahrhundert dann die Neubesiedlung der Region. In dieser Zeit entstanden überall Eschhöfe und an den Ausläufern ihrer Ländereien bildeten sich sogenannte Brinksiedlungen mit meist niederwertigerem Ackerboden. In diese Zeit lassen sich auch Ausgrabungsfunde aus einem Brunnen in der Nähe des heutigen Marktplatzes (heute Am Brink) datieren.
Erste schriftliche Zeugnisse über Zwischenahn gab es im Jahr 1124 im Zusammenhang mit der Gründung der St.-Johannes-Kirche durch den oldenburger Grafen Egilmar. Auf dieses Jahr wird daher die Gründung Bad Zwischenahns offiziell festgelegt. Das sich um das Zwischenahner Meer erstreckende Kirchspiel Zwischenahn bildete nach dem Ende der Franzosenzeit ab 1814 mit dem Kirchspiel Edewecht das Amt Zwischenahn, das dann 1858 mit dem Amt Westerstede unter gleichem Namen zusammengelegt wurde. Im Jahre 1933 wurden die Ortschaften Ofen, Wehnen, Bloh, und Petersfehn aus der aufgelösten Gemeinde Ofen sowie der südliche Teil von Westerholtsfelde aus der Gemeinde Wiefelstede eingemeindet. Damit erhielt Bad Zwischenahn seine heutige Größe.
Ein schweres Zugunglück ereignete sich am 20. November 1944, als ein mit 1500 niederländischen Arbeitern besetzter Zug im Bahnhof von Bad Zwischenahn auf einen dort stehenden Zug auffuhr. Dabei starben 29 Menschen, verletzt wurden 67, darunter etwa 30 schwer.
Im März 1945 erfolgten schwere Bombardements des Fliegerhorsts Rostrup. Am letzten Apriltag 1945 forderten kanadische Flugblätter Bad Zwischenahn auf, letztes, sinnloses Blutvergießen zu vermeiden: „Wenn sich Zwischenahn nicht ergibt, wird es dem Erdboden gleichgemacht.“ Allerdings ließen die Kanadier hinter der Front auch durchblicken, „daß es unser Wunsch ist, dieses nette kleine Städtchen nicht dem Erdboden gleich zumachen.“ In der Nacht auf den 1. Mai 1945 erreichte der Edewechter Pastor Wilhelm Schulze – gebürtiger Zwischenahner – als Parlamentär den kampflosen Abzug deutscher Truppen. Die Kanadier dankten ihm mit den Worten: “You have done a great work this night”. Bad Zwischenahn war gerettet.
Mit dem Bau der Chaussee von Oldenburg über Zwischenahn nach Westerstede im Jahr 1837 sowie dem Bau der Bahnstrecke Oldenburg–Leer dreißig Jahre später nahmen die Bevölkerung und der Fremdenverkehr stetig zu. Zwischenahn erfreute sich bereits zu dieser Zeit zunehmender Beliebtheit als Naherholungsort. Im Jahre 1919 wurde Zwischenahn der Titel „Bad“ verliehen und 1964 das Prädikat „Staatlich anerkanntes Moorheilbad“. Ein Antrag auf Verleihung des Stadtrechts im Jahr 1974 blieb erfolglos.
Im Jahre 2002 war Bad Zwischenahn als „Hauptstadt der Bäume“ Schauplatz der ersten Niedersächsischen Landesgartenschau, die über eine Million Besucher anzog. Das Gartenschaugelände wurde in der Folge zum Park der Gärten weiterentwickelt.
Der Ortskern von Bad Zwischenahn präsentiert sich heute wie eine moderne Kleinstadt mit Fußgängerzone, Promenade, Einkaufsläden und Gastronomie.